Põhjaka mõisa ajalugu algab 19. sajandi alguses. Mõis eraldati erinevate allikate järgi 1811., 1813. või 1814. aastal sama kihelkonna Koordi mõisast ning enne seda oli tegemist Koordi mõisale kuuluva külaga. Põhjaka mõisa esimeseks omanikuks sai Paul Gotthard von Dücker. Tema kätte jäi mõis vaid mõneks aastaks. 

1816. aastal ostis rittmeister krahv Karl Gustav Mellin Põhjaka mõisa 32000 rubla eest. Karl Gustav Mellin juuniori ajal hakati ehitama mõisa uut peahoonet ning klassitsistlik peahoone valmis 1820. aastal. Huvitav on, et peauks ei asu sel mitte peafassaadil, vaid hoopis hoone ühes otsas. 1827. aastal krahv Mellin aga pantis mõisa.

1828. aastal ostis mõisa (26000 rubla eest) meditsiinidoktor Christoph Heinrich Rinne ning tema pere kätte jäi mõis 19. sajandi lõpuni. 1847. aastal kvalifitseeriti Põhjaka mõis rüütlimõisana ning mõis omanikuks sai 1864. aastal endise omaniku poeg – meditsiinidoktor Carlos Rinne.

1858. aastal koostati Eesti aladel viimane hingeloend ning selle järgi oli Põhjaka mõisa hingekirjas vaid 71 inimest (kõik eesti soost talupojad) - 31 meeshinge ning 40 naishinge. Hingeloend ise koosneb vaid kahest osast - mõisarahvas ning Põhjaka küla.

1884. aastal ostis Põhjaka mõisa endale parun Konstantin Stackelberg lähedalasuvast Palu mõisast ning hakkas seda sealt alates majandama ühes Palu mõisaga. Sellest ajast alates ei olnud enam iseseisvat Põhjaka rüütlimõisa – tegemist oli vaid Palu mõisa karjamõisaga. Konstantin Stackelberg suri 1909 ning tema järglastest sai mõisa (viimaseks) omanikuks ta poeg Leo. Von Stackelbergide perekonna valduses oli mõis kuni riigistamiseni (mõis võõrandati 1919. aastal).

Osa Põhjaka mõisapiirkonnast kuulus 1866-1906 Sargvere valda ning osa alates 1892. aastast Mäo valda (ühe Mäo valla kohta käiva 1913. aastast pärineva allika järgi kuulus Põhjaka mõisast sinna valda kolm talu - Ado, Lepiku ja Saare). Hilisemates allikates on Põhjaka mõisa andmed tihti kirjas koos Palu mõisa andmetega.